Изначально клуб играл под эгидой Югославской Народной Армии, но через несколько лет стал независим от нее. Нам же он известен не только по выступлениям в еврокубках, но и по своим буйным фанам, прозванными Гробарями, а также по противостоянию с Црвеной Звездой. Разница в два чемпионства (в сумме за чемпионаты Югославии, Сербии и Черногории, Сербии) – несущественна, но вот чего вряд ли удастся достичь Партизану в ближайшем будущем, так это выиграть Кубок чемпионов, завоеванный Звездой в 1991 году.
«Партизан» был основан 4 октября 1945 года как футбольная секция ЮСО «Партизан» и был назван в честь югославских партизан, военного коммунистического образования, которое сражалось во время Второй мировой войны. На следующий же день был проведен товарищеский матч против сборной Сербии, в котором «Партизан» одержал первую в своей истории победу со счетом 4—2. В том же году состоялся первый международный матч «Партизана» с московскими «армейцами», называвшимися тогда ЦДКА. Клуб был сформирован и изначально управлялся группой высших офицеров Народно-освободительной армии Югославии. Среди них были Светозар Вукманович, Ратко Вуйович и Коча Попович. Первым главным тренером команды стал хорват Франё Гласер, совмешавший свою должность с игрой в воротах «Партизана».
Уже в сезоне 1946/47 «Партизан» завоевал свой первый титул чемпиона Югославии. Второй чемпионский титул последовал в 1949. До того времени «Партизан» играл свои домашние матчи на старом стадионе БСК, когда его стадион был построен на том же месте и был назван стадионом ЮНА. В 1950 году клуб развился из футбольной секции Армии в независимый клуб под покровительством Югославского спортивного общества «Партизан». Первым президентом клуба стал Ратко Вуйович. В 1953 оставшиеся формальные связи между «Партизаном» и Армией распались.
Во время 1950-х у клуба был длительный период без побед в чемпионате, были только победы в кубке в 1952, 1954 и 1957. В сезоне 1955/1956 состоялось историческое событие для «Партизана» и всего сербского футбола: белградский клуб стал участником первого еврокубкового матча в истории. Первая встреча в Лиссабоне с португальским «Спортингом» завершилась боевой ничьей 3—3, а ответный матч в Сербии принес «Партизану» крупную победу со счетом 5—2. Следующего соперника — грозный мадридский «Реал» — сербы не смогли пройти, разгромно проиграв в первой встрече 0—4. Но ответный матч порадовал белградскую публику, завершившись со счетом 3—0 в пользу «Партизана».
