Во второй партии Каспаров играл черными. Между 28-м и 34-м ходами позиция чемпиона мира ухудшилась. Этот игровой отрезок потребовал от Каспарова обдумывания своих действий в течение более часа, а сделанный "Дип блю" 37-й ход привел к решающему позиционному преимуществу ЭВМ. Последним ходом, как и в первой партии, стал 45-й, после которого суперкомпьютер уже получил явно выигрышную позицию. Битва на шахматной доске продолжалась чуть менее четырех часов.
Каспаров на пресс-конференцию не пришел и явно не собирался обсуждать поражение, А вот команда «Дип блю» не скрывала своего ликования. «Именно ради такой цели мы и работали 8 месяцев. «Дип блю» продемонстрировал игру, которой мог бы гордиться любой гроссмейстер», заявил журналистам гроссмейстер Джоэл Бенджамин, один из «наставников» суперкомпьютера. Мнение международного мастера Майка Вольво: "Вполне определенно, что это была лучшая игра, которую когда-либо демонстрировал компьютер против Каспарова"
